La Autoridad Nacional de Control del Ministerio Público abrió un proceso disciplinario en contra de los miembros del Equipo Especial Lava Jato, Rafael Vela y José Domingo Pérez por haberse pronunciado sobre el papel de la fiscal de la Nación, Patricia Benavides cuando el expresidente, Alejandro Toledo fue extraditado al Perú.
Se indica que Vela Barba habría faltado al respeto a Benavides Vargas por declarar que no tenía ningún papel ni intervención en el caso del exjefe de Estado ya que el caso estaba a cargo de Pérez Gómez como fiscal y del juez Richard Concepción Carhuancho, quien estaba controlando la acusación.
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En el caso de José Domingo Pérez, se le acusa de influir en la fiscal de la Nación por comentar en los medios de comunicación, que había pedido que Rafael Vela, en su condición de coordinador del Equipo Especial Lava Jato, viaje a los Estados Unidos para verificar la extradición de Alejandro Toledo.
También se les cuestiona por haber declarado sobre aspectos de la investigación del caso Ecoteva y por haber manifestado públicamente que se opondrían a que se dicte prisión domiciliaria para el exmandatario.